בכלל דקדוקי תורה הוא גם דקדוק המסורת: הכתב המסורתי ביתיר וחסר, ומקובל הוא לרז״ל שגם המקרא וגם המסורת נתנו להדרש בכל מקום שאין הכתב מנגד את המקרא בנתינת הקדימה להמקרא. ראיה לזה דרשתם ז״ל במאמר הכתובים: וכל בכור בניך תפדה, ודרשינן תפדה (המקרא) ותפדה (המסורת) ללמד כל שהוא מצווה להפדות מצווה לפדות, ולמדתם אותם את בניכם ולמדתם ולמדתם (קדושין כ״ט: וכן דרשו אלה מועדי ה׳ אשר תקראו אתם הרי הוא אומר ג' פעמים אתם, אתם אפילו שוגגים, אתם אפילו מזידין, אתם אפילו מוטעין(ר״ה כ״ד.).
ויותר מזה דרשו המול ימול לכם כל זכר כאלו כתיב ״המל״ חסר וו ומזה דרשו המל ימול להוציא ערל גוי שאינו ראוי לימול (ע״ז כ״ז) דרשות אלה הן הלכות מוסמכות לדברי הכל תדע, שרבי עקיבא סובר יש אם למקרא (סנהדרין ד.) והוא דורש, אתם אפילו מזידין וכו' וגם דורש מאה״כ שבעת ימים תאכל עליו מצות לחם עני במובן עניות לחם שהוא עני שהיא המסורת, ודרוש גם המקרא לחם שעונים עליו דברים הרבה. הא למדת שכל מקום שאפשר לדרוש גם המקרא וגם המסורת, בהוראות שאינן מתנגדות אחת לשניה דורשים את המקרא והמסורת. ור״ש אף שהוא נמנה בין הסוברים יש אם למקרא, דורש המקרא והמסורת, במאה״כ לעם נכרי לא ימשול למכרה בבגדו בה בהוראת בגד ז״א פרש טליתו עליה, ובהוראת בגידה בבוגדו בה (קדושין י״ח:). (עיין רש״י קדושין י״ח ד״ה יש אם למקרא ותוס׳ סוכה ד ד״ה ור״ש ט: ד״ה בסוכות סנהדרין ד׳ ד״ה :תלהו בכורות ל״ד דה ורמינהו).
לעומת זאת כל מקום שהמקרא והמסורת מכחישים זה את זה ואי אפשר בשום פנים לקיים את שניהם תופשים לעיקר רק המקרא והמסורת כאלו אינה במקום זה. דבר זה נלמד, משאלת תלמידו של ר״י בן רועץ ותשובתו אליהם :וטמאה שבעים כנדתה, אקרא אני שבעים ? אמר להם: טמא וטהר בזכר, וטמא וטהר בנקבה וכו׳ לאחר שיצאו יצא ומחזיר אחריהם, אמר לה אי אתם זקוקים לכך שבועיים קרינן ויש אם למקרא. (סנהדרין ד) זרזותו של ר״י בן רועץ לחזר אחר תלמידיו ולומר להם שבועיים קרינן, באה ללמדנו שבכל מקום דומה לזה שאין קיום למקרא ולמסורת יחד, אין להעלות על הדעת אפשרות של עזיבת המקרא המקובל, ובקשת הכרעות סבריות והגיוניות לקיים המקרא, אבל המקרא המקובל הוא העיקר והוא האם, והדרשות בכתב המסורת הם תולדות נובעת ממנה. אולם במקום שהמקרא והמסורת מתפרשים בשתי הוראות כגון בבגדו בה שמתפרש בהוראת בגד ובהוראת בגידה — ויהיה לפי זה משקלו כמו בפגעו בה — ואפשר לקיים שתי ההוראות ולומר שבכל אחת מהן מתקיימת מצות הכתיב לאסור על האב מכירת בתו אחר שפרש בגדו עליה והשיאה. או שבגד בה ומכרה לשפחות, וכן בכל מקום שהמקרא והמסורת אינן מכחישות זו את זו בהוראתם אלא בתואר הפעל והשם ביחיד או ברבים כגון ירשיעון אלקים שכתוב ירשיען ,סוכות סכת, טוטפות טוטפת, קרנות קרנת, נפשות נפשת, מצות מצוות, כפות כפת (סנהדרין ד׳ כריתות י״ז סוכה מ״ה) או שחלוקות בהוראם כבנין יאכל ויאכל(פסחים פ״ו) יראה ויראה (סנהדרין ד.) או ונשל ונשל (מכות ז:) בזה נחלקו התנאים ודעת רובם נוטה לומר יש אם למקרא, (עיין שדי חמד, חלק הכללים מערכת ה׳ ו' כלל כ״ט ובפחד יצחק מערכת יש אם למקרא ויש אם למסורת).
