במדרשי אגדה מנו רז״ל י״ח פסוקים שבתורה שהם תיקוני סופרים (ראה בראשית רבה י״ב שמו״ר י״ג, מ״א מכילתא פ׳ בשלח, ויקרא רבה י״ג) ובתנחומא (בשלח ט״ז) נאמר: כי הנוגע בהם כנוגע בבבת עינו, עיני היה לו לומר, אלא שכינה הכתוב, כלומר: כביכול כלפי מעלן וכינהו הכתוב שהוא תיקון סופרים אנשי כנה״ג. הראה״ו (דדו״ד ח״א פ״ז) מצא במאמר זה מציאה וסיעתא גדולה לדעתו, שהסופרים תקנו בכתובים לפי בינתם ואומר; שורש דעה זו בלי ספק חזקה היא ומקובלת, יען אנו רואים ממקצת מקומות בכתבי הקודש שיד מתקנים שלטה בהם ולא מצאנו זמן כשר יותר למלאכה כזו כי אם זמן הסופרים.אבל עינו הטעתו להראה״ו, כי המאור־עינים (ח״ג פ״ט) כבר ביטל דעה זו בטענה איתנה, שהרי אמרו רז״ל ״כל האומר כל התורה מן השמים חוץ מאות אחת דקדוק זה וכו׳ הרי הוא בכלל כי דבר ה׳ בזה״ ואיך אפשר שהם עצמם יתקנו בכתובים בסירוסים או במחיקה.ומהרי״א אף הוא דחה דעה זו בטענה אחרת, שאין אדם שיזייף ספר שיאמר: אני זייפתי או תקנתי כך וכך ואיך יאמרו הם ״תיקון סופרים״ (העקרים מ״ג פכ״ב). והרדב״ז טוען ואומר: ואל יעלה בדעתך שהיה הדבר חסר והם תקנוהו שא״כ יש מקום לבעלי יריבינו לומר; כך תקנו הסופרים (הרדב״ז סי׳ תקצ״ב) .ועי׳ בתפא״י(סנהדרין פרק י׳ מ״ז אות ו׳).
מתוך כל טענות אלה מסיקים ואומרים; שתיקון סופרים בי״ח פסוקים הם הלכה למשה מסיני. ולא שהסופרים תקנו בגוף הספר בסירוס המלים או הגהתם אלא מתחילת כתיבת התורה וכתבי הקודש נכתבו פסוקים אלה בדרך תיקון סופרים שכותבים דבריהם בדרך כבוד ואנשי כנה״ג דקדקו והסכימה דעתם להלכה המקובלת ולכן נקראים תיקונים אלה על שמם. וכ״כ הרשב״א, שהסופרים והחכמים מצאו לפי ענין כל אחד מהכתובים ההם שעיקר הכוונה לא היתה כמו שנראה מהכתב, ראה מנחת־שי זכריה ד׳ ושל״ה מאמר תורה אות ח׳ והרדב״ז שם).
פירוש זה מסתייע מדברי התנחומא שסיים וכתב; ולכן נקראו סופרים. שהיו סופרים כל אותיות שבתורה ודורשין אותו. (תנחומא שם). הא למדת שלא נקראו סופרים על שם פעולת הגהתם אלא על שם דקדוקם במספרים של כל אותיות שבתורה ודרשתם כל אות ממנה ופירוש הכתוב בדרך ״כינה הכתוב״ הוא מכלל דרשת הכתובים. רבותינו הקדמונים ז״ל בעמדם על יסוד עיקרי האמונה בתורה מן השמים שלא התחלפה אפילו באות אחת ממנה, דקדקו ומצאו ביאורו הנכון של מאמר ,״תיקון־סופרים״ ובזה חסמו את הדרך לפני כל טועה ומטעה השולח יד גסה ומשחיתה לסרס הכתובים ולהגיהם ככל העולה על רוחו.
מהרנ״ק (מו״נ־הזמן שער י״ג) הרגיש בקלקלה זו שהורסת שלמות התורה אם נניח שהסופרים תקנו והגיהו וכדי לרפא שבר זה אומר: ולא נכחיש שינויי הכתיב והקרי והתיקון ועיטור סופרים המאומתים ומקוימים מפי חכמינו ז״ל ונודה על האמת בלי עקשות לב, אולם מצד שני לא נאמר בשביל זה שהכל נפל במקרה וששלחו יד בספרים ככל העולה על רוח סופרים ומעתיקים יחידים, ושעברו עתים וחלופים על ספרי הקודש עפ״י דרך הטבע, אלא נודה ונאמין שכל הצריך והמוכרח להעשות בספרים אלה וביחוד בספר התורה, נעשה מתחילה עפ״י נביאים ואח״כ על פי בעלי רוח הקודש בקיבוץ והסכמה, וכל זה בצורת הספרים וחצוניותם: אולם בתוכן שלה וברוחניותה לא נשתנית כל עיקר, ע״כ. ואני אומר שכל דבריו ולבטיו לא יועילו במאומה לתקן פרצה זו והרי זה כאומר שבור החבית ושמור את יינה כי אם אמרנו שהתורה וכתבי הקודש היו זקוקים להגהה מפי נביאים או מפי בעלי רוח הקודש הרי אנו הורסים שלמות התורה ומקוריותה, והרי הרנ״ק עצמו מכיון שבאו לידי טעות זאת נגרר לטעות אחרת לומר: שכל החסרות ויתירות, מקרא ומסורת קרי וכתיב הכל הוא בכלל תיקון סופרים.
והראה״ו מרחיק לכת עוד ואומר: וכן השמיטו לפעמים מאמרים שלמים . לאיזו סבה ותכלית (דו״ד שם 60 והערה 4).
ושד״ל אף הוא מתיר להגיה ספרי הנביאים ונתן טעם לדבריו ״כי ספרי הנביאים והכתובים לא היו נכתבים ונעתקים כל כך בזהירות ושקידה עצומה כמו תורת משה ולזה עלולים לכל המקרים אשר קרו לכתובים קדמונים וישנים,״ ולא עוד אלא שהוא מתפאר בפה ואומר(במכתבו אל מר שטערן): כי אינני מן המתחסדים היראים את המסורת ובורחים מהעלות על לבם שברוב הימים ובמשך הדורות נפלו קצת טעות סופרים בספרי הקודש.
אלה הם דברי החכמים שעומדים ברגלם האחת על המסורת ואם נבוא לצרף את כל תקוניהם והגהותיהם יהיו ספר־התורה וכתבי הקודש כגוף פצוע ומוכה שאין בו מתום, שכל הסכמה לתיקונים שהיו כבר מעמיד בשאלה גם את הקיים, שמא עדיין נשאר בו מה להגיה ולתקן, וכל כך למה? לפי שפרשו מאמר ״״תיקון־סופרים״ כתיקונו כפשוטו ואמרו: אחרי שבזמן מן הזמנים חלו בכתבי.הקודש ידים מגיהות מדוע לא נגיה גם אנחנו? או שמא התיקונים וההגהות הם בלתי נכונים וצריכים אנו לשוב ולבקש את המקוריות הראשונה כמו שהיא, אבל הביאור הנכון למאמר זה הוא בודאי כמו שכתבו רבותינו הראשונים שנכתבו כתובים אלה בדרך תיקון- סופרים ולא שהסופרים הגיהו בו, כמ״ש המאור־עינים שכל השולח יד בהם לא ינקה.
והם הם דברי מהר״ל מפראג ז״ל שכתב: ופירוש תיקון סופרים אצל ואברהם עודנו עומד לפני ה', מפני שהקב״ה בא אל אברהם כדכתיב וירא אליו ה׳ ומי שבא אצל אחר שייך לומר כל זמן שהוא עומד ומעכב אצלו שעודנו עומד לפניו מפני שבסוף ילך מאתו אל מקומו שהוא בא משם ולפיכך הוה ליה למכתב וה׳ עומד אצל אברהם לומר שהשכינה ממתנת לו עד שהכניס האורחים אלא שאין דרך כבוד לכתוב שהוא יתברך היה ממתין לאברהם ולפיכך כתב ואברהם עומד לפני ה׳ (כן ואין הפירוש חלילה שהסופרים תקנו דבר זה אחר שכתב משה את התורה, אלא שדברה כדרך לשון בני אדם כך כתבה התורה, ופירוש תיקון סופרים כלומר מה שהסופרים דרכן לתקן כאשר יכתבו דבר, וכך כתבה התורה, תפארת ישראל פרק ס״ט.
ראיה מכרעת וזה הוא מאמרם ז״ל: עשר נקודות בתורה אלו הן וכו'. למה כך? אמר עזרא אם יאמר משה למה נקדת ישיב: הלא לא מחקתי ע״כ (פסקי תוס' מנחות ס״י רל״א). אגדה קדומה זו מעידה על חרדתם של רז״ל על הנקודות שהוסיף עזרא בגוף ספרי התורה, ואיך נאמר מעתה שהסופרים יתקנו בסירוס הכתובים או מחיקת והוספת מלים או אותיות בכתבי הקודש? ודברים של טעם נתן ר׳ יהודה הלוי בפי הכוזרי לאמור : אם תשלוט ההקשה על אלה והדומים להם תשנה הספרים כולם באותיות תחלה ואח״כ במלות ואח״כ בחבורים ואח״כ בנקוד ואח״כ בטעמים וישתנו הענינים וכמה פסוקים יכול האדם להעתיק עניניהם אל הפכם בהעתקת אחד מאלה המסורות כל שכן כלם (כוזרי מאמרי ג׳ פ׳ כ״ח).
הא למדת, שספר התורה וכל כתבי הקודש שבידינו נשמרו מכל משמר בכל הדורות והתקופות בשלמותם ובמקוריותם כמו שנאמרו ונכתבו מפי משה ומפיהם של הנביאים תלמידיו אמנם במשל הדורות ובתוקף הנדודים והפיזור הגלותי חלו בהם שינויים בחסרות ויתרות שאינם משנים את הענין, אבל בסידור כתיבתם ובמספר תיבותיו לא חלו ולא יחולו בהם כל שינוי מעולם ועד עולם.